冷链很烧钱，这是众所周知的事情。以冷库造价为例，普通仓库的造价约为400块钱/平方米，冷库则要配备保温系统，造价2000块钱/平方米左右，而且冷库要消耗高额的电费，1万平方米的冷库一个月的电费至少要20万元人民币。生鲜冷库温度带很多，各种制冷、监测设备都要配备齐全，库内其它设备也都需防冻设计，因此库内设施也是一笔不小的投资。而冷藏运输车的购买、使用、维修价格也都远高于普通货车。除了建置冷库、配置库内设备、购买冷藏车等，电商自建冷链还要建立起一套区别于其他品类电商的精准订单预测、标准化品类管理、快速配送、快速库存周转机制。
在区位选址上，生鲜电商冷库应尽可能处于海、陆、空立体交通运输路线的结点，集散条件便捷，交通网络四通八达。同时，生鲜电商冷库应该是配送中心型的冷库，需配置多温区温控系统、分拣系统、装卸货系统等关键子系统，电商企业应该委托具备资质的知名机构和企业，参考自身的业务发展状况，来进行冷库的设计和建造。
整个冷库需具备完善的检验检疫功能，多温区温控存储功能、集成信息化作业系统的库存管理和优化功能、包括分拣和包装价格在内的库内操作功能、进销存数据实时对接的数据交换功能等。除满足软硬件条件外，生鲜电商冷库在日常操作上要比普通仓库或冷库更加严格。电商企业在运营冷库时，要制定严密的规章制度和kpi考核制度。以果蔬包装流程为例，员工要佩戴棉手套，以免戳伤水果表皮或手温影响水果品质;枝、蒂等必须用剪刀剪断，不可用手摘;冷冻产品在离开温区称重、包装用时必须限定在一个短的时间段内，不得超时，等等。
相比自建冷库，自营冷链配送的成本也不遑多让。据不完全统计，中国至少有3000家生鲜电商，而其中99%都在亏损，原因之一就是配送成本高昂。有多个方面数据显示，冷链宅配成本是常温宅配成本的1 .5倍以上。在非生鲜电商领域，自建宅配通常的做法就是广布网——在各地自建配送分站，然后配送到户。但对生鲜电商来说，目前的订单量仍较少，维持这样的配送网络需要很高的成本。因此，电商自营配送要考虑更多的替代方法。比如，可以与连锁便利店、社区店合作， 在一个区域内选择一家或几家便利店、社区店作为客户自提点，这样，生鲜电商就可以集中配送，减去入户配送的运力、时间和人员成本。便利店、社区店还可以以O2O的模式运营，以线下的展示、体验帮助生鲜电商获取流量。如京东与十数个城市的万余家便利店合作，顺丰开设3000多家“嘿店”，二者都是为数不多的、实际进入到生鲜O2O运营中的生鲜电商。再比如小区智能快递箱，不但可以帮助生鲜电商节省入户配送的运力、时间和人员成本，还受到小区居民甚至物业的广泛欢迎。
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